西红柿扦插繁殖存在以下缺点：易感染病菌、生长速度较慢以及遗传稳定性差。首先，扦插繁殖的西红柿植株容易受到病菌的感染，这可能导致植株生长不良、减产甚至亡。其次，相较于其他繁殖方式，扦插繁殖的西红柿生长速度较慢，需要较长的时间才能形成成熟的植株，这对于商业生产而言可能不够高效。此外，由于扦插繁殖的特性，西红柿的遗传稳定性较差，可能会导致子代植株出现变异或不稳定的性状，这对于品种的保持和选育工作带来一定的困难。综上所述，尽管西红柿扦插繁殖有其优点，但也需要注意并应对上述缺点。
西红柿扦插繁殖的缺点
①育苗时间短，一般２０天左右；
②结果早，番茄的扦插苗一般从第三节开始就出现花穗，而种子苗需要在６～８节才出现花穗；
③扦插苗不容易发生徒长，较容易坐果；
④用侧枝扦插育成的幼苗根系粗壮，生长势和抗逆性较强；
⑤节约育苗费用；
⑥侧枝扦插属无性繁殖，可较好保持品种的特性；
⑦去除土壤传播的病害。番茄扦插苗的缺点：植株的生长势比较弱，植株容易早衰。这是由于扦插苗结果较早，对营养生长抑制较大、扦插苗本身的生理年龄已经比较大以及扦插苗的根系为不定根等原因。
１．苗床准备
扦插育苗床要求3年以上未种过茄科作物，土质疏松肥沃、排灌方便、通风好的田块。将田块深翻并充分晒垡，每６６７米２均匀施入腐熟有机肥20００千克，整细耙平后做畦，要求畦宽１～１．２米，畦边稍高，使畦面呈盆底状。扦插前用５０％多菌灵可湿性粉剂８００倍液或高锰酸钾１０００倍液将苗床浇透消毒，水分稍干后在畦面横向开小沟，沟距１０厘米，深３～５厘米即可。
２．剪枝处理
将番茄成株预留侧枝，待侧枝长出后，从健康的植株上选取生壮、旺盛的嫩侧枝作为扦插枝条。剪取插条前1天喷１次５０％多菌灵可湿性粉剂８００倍液＋１．８％阿维菌素乳油３０００倍液。用锋利的小刀片快速切取枝条，去掉侧枝顶端，保留１０～１５厘米长，枝条上留３～４片小叶。将切好的插条底部整齐，每１０～２０枝绑成１小把，用７０％甲基硫菌灵可湿性粉剂１０００倍液浸泡插条基部，立即取出，然后再将侧枝底部２～３厘米放入５０毫克／升萘乙酸溶液或１００毫克／升吲哚乙酸溶液中，１０分钟后取出。
将处理好的枝条按１０厘米的间距放入之前开的小沟中，并覆盖过筛的苗床土，厚度为插穗长度的１／３。扦插后立即搭小拱棚遮光保温、保湿，避免因高温、强光或低温而导致插穗萎蔫。小拱棚内保持温度２５～３０℃、空气相对湿度８０％～８５％为宜，可促进新根发生。扦插７天后，插穗基部茎结上根系已大量萌发，可逐渐撤掉遮阴物，使插穗逐渐见光。２０天后，根系生长成形，根长达５厘米，可切成苗坨进行囤苗，７～１０天后即可定植。
结合整地，每６６７米２施入腐熟的鸡粪４０００～５０００千克、过酸钙１００千克、酸二氢钾或酸二铵３０～４０千克。
２．合理密植
按大行距９０～１0０厘米、小行距６０～７０厘米、株距４０～４５厘米定植，每６６７米２温室定植１８００株左右。注意定植不宜过深，避免第一穗果实太靠近地面易感病。
３．田间管理
